类器官全技术路线与资源总览
摘要:本文基于知识库(1181 篇文献)深度提炼,完整汇总了类器官构建的传统 3D 培养、3D 生物打印、器官芯片 (OoC) 三大技术体系。详细整理了从样本准备到功能验证的全流程技术路线,以及全流程所需的仪器、试剂、耗材、软件清单。适用于实验室搭建论证、设备采购、客户技术咨询及内部培训。
一、类器官构建核心技术路线 (传统培养)
1.1 类器官完整技术流程
graph TD
subgraph P1 ["阶段一:样本与干细胞维持"]
A["hESC (H9) / iPSC"] --> B["mTeSR 培养基维持 (20-30% 铺板)"]
B --> C["基质胶 (Matrigel) 包被"]
end
subgraph P2 ["阶段二:神经诱导 (3 天)"]
C --> D["N2 培养基 + 双 SMAD 抑制"]
D --> E["NEct 集落形成"]
end
subgraph P3 ["阶段三:球体形成与模式化 (4 天)"]
E --> F["Dispase 收集 + 悬浮培养"]
F --> G["添加 bFGF / CHIR99021 / BMP4"]
end
subgraph P4 ["阶段四:分化与长期培养"]
G --> H["基质胶包埋"]
H --> I["转换为终分化培养基"]
I --> J["每周换液 3 次,培养数月"]
end
style P1 fill:#e1f5fe,stroke:#333
style P2 fill:#e0f2f1,stroke:#333
style P3 fill:#fff3e0,stroke:#333
style P4 fill:#e8f5e9,stroke:#333
1.2 各阶段详细操作清单
| 阶段 |
核心操作 |
关键试剂 |
耗材与仪器 |
| 干细胞维持 |
hESC/iPSC 铺板 (20-30% 密度) |
mTeSR Plus, Matrigel (Corning #354277) |
6 孔板, 超净台, CO₂ 培养箱 |
| 神经诱导 |
N2 培养基 + 双 SMAD 抑制 (3 天) |
N2 补充剂, SB-431542 (10 μM), LDN 193189 (100 nM) |
移液管, DMSO (溶解抑制剂) |
| NEct 收集 |
Dispase 消化 + 悬浮培养 |
Dispase (2.4 U/mL), DPBS |
15mL 离心管, 40-70 μm 细胞筛 |
| 球体扩增 |
悬浮培养 4 天 + 生长因子 |
N2 培养基, bFGF (40 ng/mL), CHIR99021 (2 μM), BMP4 (2 ng/mL) |
低吸附 6 孔板, 显微镜 |
| 基质胶包埋 |
模式化球体包埋于 Matrigel |
Matrigel (冰冷, 防止提前凝固) |
24 孔板, 预冷移液管/枪头 |
| 终分化 |
转换为终分化培养基 |
DMEM-F12:Neurobasal (1:1), B-27, N2, 胰岛素, GlutaMAX, CHIR99021, BMP4 |
培养箱, 移液器 |
1.3 终分化培养基配方
| 组分 |
终浓度/添加量 |
品牌/货号 |
作用 |
| DMEM/F12 |
1:1 混合 |
Gibco #11320-33 |
基础培养基 |
| 神经基础培养基 |
1:1 混合 |
Gibco #A35829-01 |
神经分化基础 |
| N2 补充剂 |
0.5% |
Gibco #17502-048 |
神经细胞支持 |
| B-27 补充剂 |
1% |
Gibco #17504044 |
神经元存活 |
| 胰岛素 |
12.5 μL/50mL |
Sigma |
代谢支持 |
| GlutaMAX |
1% |
Gibco |
谷氨酰胺替代 |
| MEM 非必需氨基酸 |
1% |
Gibco #11140-050 |
氨基酸补充 |
| 青霉素/链霉素 |
1% |
Gibco #15140148 |
抗生素 |
| β-巯基乙醇 |
17.5 μL/50mL |
Gibco #21985-023 |
抗氧化剂 |
| CHIR99021 |
3 μM |
Sigma |
Wnt 信号激活 |
| BMP4 |
5 ng/mL |
PeproTech |
模式化诱导 |
二、3D 生物打印技术体系
2.1 3D 生物打印完整技术路线
graph LR
subgraph S1 ["阶段一:样本与材料准备"]
A["细胞/组织准备"] --> B["生物材料选择"]
B --> C["生物墨水制备"]
end
subgraph S2 ["阶段二:3D 打印成型"]
C --> D["挤出式打印"]
C --> E["光固化打印"]
D --> F["结构沉积"]
E --> F
end
subgraph S3 ["阶段三:后处理与验证"]
F --> G["交联固化"]
G --> H["培养成熟"]
H --> I["功能验证"]
end
style S1 fill:#e1f5fe,stroke:#333
style S2 fill:#f3e5f5,stroke:#333
style S3 fill:#e8f5e9,stroke:#333
2.2 3D 生物打印设备清单
| 设备类别 |
推荐型号 |
技术原理 |
特点与适用场景 |
| 挤出式 |
Cellink BIO X |
气动/螺杆挤出,温控打印头 |
通用水凝胶、高细胞密度 |
|
Cellink INKREDIBLE |
气动挤出 |
适合大体积水凝胶 |
|
Allevi 2 |
高精度闭环挤出 |
多材料切换、微血管构建 |
|
REGEMAT 3D |
临床级标准 |
软骨、骨组织工程 |
| 光固化 |
CELLINK BIO X6 |
SLA/DLP 多光源投影 |
复杂微结构、高通量阵列 |
|
EnvisionTEC 3D-Bioplotter |
快速光固化成型 |
支架制造、骨骼模型 |
| 辅助设备 |
Dymax BlueWave 75 |
UV 365nm, 18W/cm² |
光交联触发 (GelMA/Coll-MA) |
|
TA Instruments DHR-2 |
旋转/振荡流变测试 |
墨水粘度与剪切稀化分析 |
|
温控打印平台 |
18°C/37°C Peltier 温控 |
维持相变材料 (Matrigel) 状态 |
2.3 生物墨水 (Bioink) 配方体系
| 墨水类型 |
核心成分 |
交联方式 |
特性优势 |
典型应用 |
| Coll-HA |
甲基丙烯酰化胶原 + 硫醇化 HA (1:3) |
光交联 (365nm UV) |
高生物相容性,模拟天然 ECM |
肿瘤类器官、细胞封装 |
| HyStem-HP |
硫醇化 HA + 硫醇化明胶 + PEGDA |
化学交联 (硫醇-烯) |
批次稳定,商业化标准品 |
通用 3D 培养、药物筛选 |
| 海藻酸钠-明胶 |
2% Alg + 8% Gelatin |
离子交联 (Ca²⁺/Ba²⁺) |
打印性极佳,成本低 |
前列腺癌、胶质母细胞瘤 |
| GelMA |
10% 甲基丙烯酰化明胶 |
UV 光交联 |
刚度可调,透光性好 |
血管化组织、心脏组织 |
| Matrigel |
基底膜提取物 |
温度诱导 (37°C) |
含内源性生长因子 |
肠/胃类器官 (金标准) |
2.4 Coll-HA 生物墨水配制标准流程
graph TD
A["Step 1: Coll-MA 配制<br>• 甲基丙烯酰化胶原 I<br>• 20 mM 醋酸溶解 (6 mg/mL)<br>• 室温搅拌至完全溶解"] --> B(溶解完成)
C["Step 2: HA 溶液配制<br>• 硫醇化/肝素化 HA (Heprasil)<br>• 无菌水溶解,含 0.05% 光引发剂<br>• 终浓度 1% w/v"] --> D(溶液完成)
B --> E
D --> E
E["Step 3: 混合<br>• Coll-MA 用缓冲液中和<br>• 与 HA 按 1:3 比例混合<br>• 硫醇-丙烯酸酯交联反应"] --> F["Step 4: 储存与使用<br>• 4°C 储存<br>• 使用前 37°C 平衡<br>• 细胞封装 (10×10⁶ cells/mL)"]
style A fill:#fff3e0,stroke:#333
style F fill:#e8f5e9,stroke:#333
2.5 沉浸式生物打印 (Immersion Bioprinting) 操作流程
| 步骤 |
操作要点 |
参数/试剂 |
仪器 |
| 打印前准备 |
细胞 90% 汇合度,酶解收集计数 |
0.05% 胰酶,台盼蓝检测活力 |
超净台,离心机 |
| 明胶浴准备 |
96 孔板每孔加 150 μL 10 mg/mL 明胶 |
明胶溶液,4°C 保存 |
96 孔板,移液器 |
| 墨水装载 |
注射器装载细胞-墨水混合物 |
终浓度 10×10⁶ cells/mL,打印头 29°C 平衡 30min |
Cellink BIO X |
| 打印过程 |
针头进入明胶浴,逐孔沉积 |
每孔 ~20 μL,压力 50 kPa,速度 5 mm/s,床温 18°C |
生物打印机 |
| UV 交联 |
UV 灯照射每孔触发交联 |
365nm, 18W/cm²,照射 ~1 秒/孔 |
Dymax UV 灯 |
| 后处理 |
37°C 降低明胶粘度,吸除明胶浴,换培养基 |
新鲜完全培养基 |
CO₂ 培养箱 |
| 质量检测 |
Day 1,3,5,7 活死染色 + 增殖检测 |
Calcein-AM/PI (Live/Dead), MTS assay |
宏观共聚焦显微镜 |
三、器官芯片 (OoC) 技术体系
3.1 OoC 技术路线总览
graph TD
subgraph O1 ["OoC 平台构建"]
A["微流控芯片设计"] --> B["微结构加工 (通道/腔室)"]
B --> C["核心组件集成<br>• PDMS/树脂芯片<br>• 多孔膜 (0.4-8μm)<br>• 灌注通道<br>• 传感器接口"]
end
subgraph O2 ["类器官 / OoC 整合"]
C --> D["类器官预处理"]
D --> E["类器官接种"]
E --> F["共培养应用<br>• 支持细胞 (成纤维/内皮)<br>• 血管网络形成<br>• 多器官串联"]
end
subgraph O3 ["功能检测与应用"]
F --> G["检测与应用<br>• 药物筛选/毒理测试<br>• 疾病建模<br>• 生理/病理响应监测"]
end
style O1 fill:#f3e5f5,stroke:#333
style O2 fill:#e0f2f1,stroke:#333
style O3 fill:#e8f5e9,stroke:#333
3.2 OoC 设备与组件清单
| 类别 |
设备/组件 |
规格/说明 |
推荐品牌 |
| 芯片本体 |
PDMS 芯片 |
聚二甲基硅氧烷,高气体渗透性 |
Dow Corning / 定制模具 |
|
光固化树脂芯片 |
高分辨率微结构 |
Formlabs / 定制 |
|
多孔膜 |
0.4-8 μm 孔径 (PC/PET) |
Whatman / Nuclepore |
| 流体控制 |
注射泵 |
精确流速 (0.5-10 μL/min) |
Harvard Apparatus |
|
蠕动泵 |
连续/脉冲灌注 |
Cole-Parmer |
|
压力泵 |
多通道独立控制 |
Elveflow / Fluigent |
| 监测系统 |
pH/DO/温度传感器 |
实时微环境监控 |
集成式 OoC 系统 |
|
电化学检测仪 |
代谢物 (葡萄糖/乳酸) 检测 |
定制集成 |
| 商用平台 |
Emulate Chip S1 |
人体器官芯片系统 |
Emulate Inc. |
|
OrganoPlate |
384 孔微流控阵列 (无泵) |
Mimetas / 3Rtech |
|
AIM Biotech dacron |
微流控 3D 培养 |
AIM Biotech |
3.3 微流控芯片设计要点
| 设计维度 |
关键参数 |
推荐值 |
说明 |
| 流道几何 |
高度 |
100-500 μm |
影响剪切分布 |
|
宽度 |
200-2000 μm |
影响流速分布 |
|
形状 |
矩形/梯形/蛇形 |
矩形最易加工,蛇形增加混合 |
| 流速控制 |
生理流速 |
0.5-10 μL/min |
模拟血流/灌注 |
|
剪切应力 |
< 5 dyn/cm² |
保护类器官不受损 |
|
流型 |
稳态流/脉冲流/振荡流 |
心脏芯片需脉冲流 (1-2 Hz) |
| 培养腔室 |
体积 |
1-50 μL |
影响扩散动力学 |
|
支架 |
3D 水凝胶填充区 |
支持共培养 |
| 传感器集成 |
电极 |
电化学检测/阻抗测量 |
实时 TEER 屏障功能监测 |
|
光纤 |
氧敏感探针 |
实时 DO 监控 |
四、先进 3D 细胞培养系统
4.1 3D 培养技术分类与代表性产品
graph TD
Root["3D 细胞培养技术"]
Root --> A["悬浮培养<br>• 低吸附板 (Corning)<br>• 悬滴法 (InSphero/Celvivo)<br>• 磁悬浮"]
Root --> B["基质胶培养<br>• Matrigel (Corning)<br>• BME (Cultrex)<br>• 胶原/明胶凝胶"]
Root --> C["微流控 3D<br>• OrganoPlate (Mimetas)<br>• 器官芯片 (Emulate)"]
Root --> D["生物打印<br>• Cellink / Allevi<br>• 定制水凝胶支架"]
style Root fill:#e1f5fe,stroke:#333
style A fill:#fff3e0,stroke:#333
style B fill:#e8f5e9,stroke:#333
style C fill:#f3e5f5,stroke:#333
style D fill:#e0f2f1,stroke:#333
4.2 商业化 3D 培养产品清单
| 产品类别 |
品牌 |
产品名称 |
货号/规格 |
技术特点 |
| 悬滴系统 |
Celvivo |
自动化悬滴培养板 |
— |
高通量、自动化液滴分配 |
|
InSphero |
GravityPLUS |
— |
重力辅助悬滴,96/384 孔 |
|
3D Biomatrix |
Perfecta 3D Hanging Drop |
— |
标准化悬滴板 |
| 低吸附板 |
Corning |
Costar 超低吸附板 |
#3474 (96 孔) |
亲水涂层防贴壁 |
|
Thermo |
Nunclon Sphera |
— |
超低吸附表面 |
| 微流控 |
3R/Mimetas |
OrganoPlate |
96 孔芯片 |
无泵灌注,384 孔格式 |
|
AIM Biotech |
dacron |
— |
微流控 3D 培养 |
| 基质胶 |
Corning |
Matrigel (GFR) |
#354277 |
低生长因子,类器官金标准 |
|
Cultrex |
BME 2 (RGF) |
— |
Matrigel 替代方案 |
|
Advanced BioMatrix |
Collagen I |
#5005 |
生物墨水基质/涂层 |
| 类器官试剂盒 |
StemCell Tech |
Cerebral Organoid Kit |
#05700 |
脑类器官一站式 |
|
Reprocell |
StemFit 3D |
— |
无饲养层类器官培养基 |
五、类器官 - 器官芯片 (OoC) 整合系统
5.1 整合技术路线
graph TD
A["整合策略概述<br>将类器官复杂自组织能力<br>与 OoC 精准微环境控制结合"]
A --> B["策略 1: 直接接种<br>• 预培养类器官 → 收集<br>• 接种于芯片腔室<br>• 建立连续灌注"]
A --> C["策略 2: 芯片内诱导<br>• iPSC/细胞直接种植<br>• 动态培养下诱导自组织<br>• 减少机械操作"]
A --> D["策略 3: 组装类器官<br>• 多类器官组装体 (Assembloids)<br>• 接种于多腔室芯片<br>• 流体连接模拟器官互作"]
B --> E
C --> E
D --> E
subgraph S1 ["整合应用示例"]
E --> F["血脑屏障芯片<br>iPSC-内皮 + 脉络丛类器官"]
E --> G["肝-肿瘤芯片<br>肝类器官 + 肿瘤类器官"]
E --> H["肠-肝芯片<br>肠类器官 + 肝类器官 (首过效应)"]
end
style S1 fill:#e8f5e9,stroke:#333
5.2 多器官集成芯片系统 (Body-on-a-Chip)
| 系统类型 |
组合器官 |
芯片设计特点 |
检测指标 |
典型应用 |
| 双器官 |
胰岛 + 肝脏 |
连接腔室 + 流体通道 |
葡萄糖/胰岛素/代谢物 |
糖尿病建模 |
| 双器官 |
肝脏 + 肠道 |
串联培养,模拟首过效应 |
药物吸收/代谢产物 |
ADMET 预测 |
| 双器官 |
肝 + 肿瘤 |
共培养系统,流体循环 |
药物疗效/毒性 |
肿瘤治疗评估 |
| 三器官 |
肝 + 肠 + 肾 |
多腔室串联,独立控制 |
系统性毒理 |
多器官毒性评估 |
| 人体芯片 |
心 + 肝 + 肺 + 肾 + 脑 |
多模块集成,全身循环模拟 |
全身药代动力学 (PK/PD) |
药物开发、精准医疗 |
六、完整整合技术路线 (培养 + 打印 + OoC)
6.1 全流程概览
graph LR
subgraph P1 ["第一阶段:样本与细胞准备"]
A["组织样本/活检"] --> B["原代分离<br>酶解/机械"]
B --> C["细胞培养<br>干细胞维持"]
C --> D["类器官诱导<br>3D 自组织"]
end
subgraph P2 ["第二阶段:技术路径选择"]
D --> E{选择技术路线}
E -->|路径 A: 传统培养| F["基质胶包埋 → 终分化培养<br>适合:科研验证、小规模"]
E -->|路径 B: 生物打印| G["制备生物墨水 → 挤出/光固化打印<br>UV 交联 → 后培养<br>适合:高通量、标准化"]
E -->|路径 C: OoC 整合| H["类器官接种芯片 → 灌注培养<br>长期培养 → 传感器集成<br>适合:生理模拟、药代动力学"]
end
subgraph P3 ["第三阶段:功能检测与验证"]
F --> I
G --> I
H --> I
I["形态学检测<br>荧光/共聚焦/电镜"] --> J["功能学检测<br>MEA 电生理/屏障功能/分泌"]
J --> K["分子检测<br>qPCR/RNASeq/scRNA-seq"]
K --> L["数据分析<br>图像分析/生信分析/统计"]
end
style P1 fill:#ffe0b2,stroke:#333
style P2 fill:#e1bee7,stroke:#333
style P3 fill:#c8e6c9,stroke:#333
6.2 关键试剂与耗材汇总 (打印 + OoC)
| 类别 |
核心物品 |
品牌/型号 |
用途 |
| 打印耗材 |
22G-27G 打印针头 |
Cellink |
适配不同粘度墨水 |
|
3mL/10mL 打印墨盒 |
Cellink |
细胞-墨水混合装载 |
| 微流控耗材 |
PDMS 预聚物 + 固化剂 |
Dow Corning |
芯片浇筑 |
|
SU-8 光刻胶 |
MicroChem |
芯片模具制作 |
|
硅胶管 (Tygon) |
内径 0.5-1mm |
流体管路连接 |
|
Luer 接头 |
多品牌 |
管路快速连接 |
| 交联试剂 |
CaCl₂ / BaCl₂ |
Sigma |
海藻酸钠离子交联 |
|
Irgacure 2959 |
BASF |
UV 光引发剂 |
|
光交联胶原 (Coll-MA) |
Advanced BioMatrix |
光固化生物墨水 |
|
硫醇化 HA (Heprasil) |
ESI-BIO |
生物墨水组分 |
| 检测试剂 |
Live/Dead 试剂盒 |
Thermo Fisher |
细胞活力荧光检测 |
|
CellTiter-Glo 3D |
Promega |
3D 球体 ATP 发光检测 |
|
PrestoBlue |
Thermo Fisher |
细胞代谢活性检测 |
七、分子与形态学检测技术路线
7.1 免疫荧光染色 (IF) 流程
graph TD
A["类器官固定<br>4% PFA, 4°C 1-2 天"] --> B["蔗糖脱水<br>30% 蔗糖-PBS, 4°C 2 天"]
B --> C["O.C.T 包埋 & 冷冻切片<br>30-50 μm, -80°C 储存"]
C --> D["通透<br>0.3% Triton X-100, 室温 15min"]
D --> E["封闭<br>3% BSA/PBS, 室温 2h"]
E --> F["一抗孵育<br>4°C 过夜 (稀释于 3% BSA)"]
F --> G["二抗孵育<br>室温 1h (稀释于 3% BSA)"]
G --> H["DAPI 复染 & 封片<br>1:1000, 室温 15min"]
H --> I["显微镜成像<br>共聚焦 / 荧光"]
style A fill:#e1f5fe,stroke:#333
style I fill:#e8f5e9,stroke:#333
7.2 RNA 提取与 qPCR 流程
graph TD
A["样本收集<br>液氮速冻类器官"] --> B["RNA 提取<br>FastPure 试剂盒"]
B --> C["浓度/纯度检测<br>Nanodrop 2000 (A260/280)"]
C --> D["完整性评估<br>Agilent 2100 (RIN ≥ 8)"]
D --> E["逆转录<br>HiScript III (300ng RNA)"]
E --> F["qPCR<br>SYBR Green, 40 循环"]
F --> G["数据分析<br>△△Ct 法计算相对表达量"]
style A fill:#fff3e0,stroke:#333
style G fill:#e8f5e9,stroke:#333
7.3 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 流程
graph TD
A["类器官解离<br>酶解/机械, DPBS+10% BSA"] --> B["单细胞悬液制备<br>活力 >80%, 1000 cells/mL"]
B --> C["10X Chromium 加载<br>生成 GEMs"]
C --> D["逆转录 & cDNA 扩增<br>磁珠纯化"]
D --> E["文库构建<br>3' 基因表达文库"]
E --> F["测序<br>Illumina NovaSeq 6000"]
F --> G["数据分析<br>Cell Ranger → Seurat"]
style A fill:#e1f5fe,stroke:#333
style G fill:#e8f5e9,stroke:#333
7.4 多电极阵列 (MEA) 电生理记录
graph LR
A["类器官转移至 MEA 板<br>4096 通道, 20μm 分辨率"] --> B["基线记录<br>37°C, 5% CO₂, 18kHz 采样"]
B --> C["药理刺激<br>谷氨酸 / NMDA / 荷包牡丹碱"]
C --> D["数据分析<br>BrainWave 软件"]
style A fill:#fff3e0,stroke:#333
style D fill:#e8f5e9,stroke:#333
7.5 透射电镜 (TEM) 样品制备
| 步骤 |
操作 |
试剂 |
参数 |
| 双固定 |
戊二醛 + 多聚甲醛 |
2.5% 戊二醛 + 2% PFA (0.1M 二甲胂酸钠) |
4°C 过夜 |
| 四氧化锇固定 |
后固定 |
2% 四氧化锇 |
室温 90min |
| 铁氰化钾处理 |
增强对比度 |
2.5% 铁氰化钾 |
室温 90min |
| 硫卡巴肼染色 |
脂质染色 |
0.1g/10mL 水溶液 |
40°C 45min |
| 醋酸双氧铀 |
重金属染色 |
1% 醋酸双氧铀 |
4°C 过夜 |
| 天冬氨酸处理 |
增强染色 |
0.03M 天冬氨酸 |
60°C 30min |
| 梯度脱水 |
乙醇梯度 |
20%→50%→60%→70%→80%→90%→100% |
每级 15min |
| 树脂包埋 |
Durcupan 渗透 |
Durcupan 树脂 |
室温 12h → 60°C 固化 48h |
| 超薄切片 |
修块切片 |
— |
铜网承载,TEM 观察 |
八、综合资源清单 (Master List)
8.1 仪器设备完整列表
| 类别 |
仪器名称 |
推荐品牌/型号 |
主要用途 |
| 培养系统 |
CO₂ 培养箱 |
Thermo / Eppendorf |
37°C, 5% CO₂ 环境维持 |
|
超净工作台 |
多品牌 |
无菌操作 |
|
振荡培养箱 |
— |
类器官/OoC 动态培养 |
| 成像系统 |
共聚焦显微镜 |
尼康 CSU-W1 Sora2 / Leica SP8 |
高分辨 3D 荧光成像 |
|
倒置荧光显微镜 |
Olympus / Leica |
日常类器官观察 |
|
宏观共聚焦 |
Leica TCS LSI |
大样本 3D 成像 |
|
透射电子显微镜 |
JEOL / FEI |
超微结构观察 |
| 分子检测 |
Nanodrop 2000 |
Thermo Fisher |
RNA 浓度/纯度测定 |
|
Agilent 2100 |
Agilent |
RNA 完整性分析 (RIN) |
|
QuantStudio qPCR |
Applied Biosystems |
基因表达定量 |
|
10X Chromium |
10X Genomics |
单细胞 RNA 测序 |
|
Illumina NovaSeq 6000 |
Illumina |
高通量测序 |
| 打印设备 |
3D 生物打印机 |
Cellink BIO X / Allevi 2 |
结构成型 / 墨水打印 |
|
流变仪 |
TA Instruments DHR-2 |
生物墨水粘度分析 |
|
UV 固化灯 |
Dymax BlueWave 75 |
光交联触发 |
| 电生理 |
MEA 系统 |
3Brain BioCAM X (4096 通道) |
神经电生理记录 |
| 蛋白检测 |
Luminex MAGPIX |
Luminex |
多重 ELISA / 分泌因子定量 |
| 其他 |
冷冻切片机 |
Leica CM3050 |
组织切片 (30-50 μm) |
|
低温/常温离心机 |
Eppendorf / Thermo |
细胞/RNA 分离 |
8.2 核心试剂完整列表
| 类别 |
试剂名称 |
品牌/货号 |
用途 |
| 干细胞培养基 |
mTeSR Plus |
StemCell #05825 |
hPSC 维持培养 |
|
ReLeSR |
StemCell |
hPSC 无酶传代 |
| 神经诱导试剂 |
N2 补充剂 |
Gibco #17502-048 |
神经诱导基础 |
|
B-27 补充剂 |
Gibco #17504044 |
神经元存活支持 |
|
SB-431542 |
10 μM |
SMAD 抑制剂 (TGF-β) |
|
LDN 193189 |
100 nM |
SMAD 抑制剂 (BMP) |
| 生长因子 |
bFGF |
PeproTech, 40 ng/mL |
神经球体扩增 |
|
CHIR99021 |
Sigma, 2-3 μM |
Wnt 信号激活 |
|
BMP4 |
PeproTech, 2-5 ng/mL |
模式化诱导 |
| 基础培养基 |
DMEM/F12 |
Gibco #11320-33 |
基础培养基 |
|
神经基础培养基 |
Gibco #A35829-01 |
神经分化基础 |
|
MEM 非必需氨基酸 |
Gibco #11140-050 |
氨基酸补充 |
|
GlutaMAX |
Gibco |
谷氨酰胺替代 |
|
β-巯基乙醇 |
Gibco #21985-023 |
抗氧化剂 |
|
胰岛素 |
Sigma |
代谢支持 |
| 基质胶/水凝胶 |
Matrigel (GFR) |
Corning #354277 |
3D 支架 / 包埋 (金标准) |
|
BME 2 (RGF) |
Cultrex |
Matrigel 替代方案 |
|
Collagen I |
Advanced BioMatrix #5005 |
生物墨水基质 / 涂层 |
|
GelMA |
Sigma, 10% w/v |
光交联水凝胶 (打印用) |
|
Heprasil (硫醇化 HA) |
ESI-BIO |
生物墨水组分 |
|
海藻酸钠 |
Sigma, 2% |
离子交联水凝胶 |
|
明胶 |
Sigma, 8% |
打印基质 / 明胶浴 |
| 交联剂 |
CaCl₂ |
Sigma, 10% |
海藻酸钠离子交联 |
|
BaCl₂ |
Sigma, 10% |
增强离子交联 |
|
Irgacure 2959 |
BASF |
UV 光引发剂 |
| 酶类 |
Dispase |
2.4 U/mL |
类器官/细胞分离 |
|
Accumax |
— |
温和细胞解离 |
|
Collagenase |
Vitacyte |
组织消化 |
| 固定与染色 |
4% 多聚甲醛 (PFA) |
— |
组织固定 |
|
戊二醛 |
2.5% |
电镜固定 |
|
四氧化锇 |
2% |
电镜后固定 |
|
Triton X-100 |
0.3% (IF), 2% (全组织) |
细胞通透 |
|
BSA |
3% |
封闭剂 |
|
DAPI |
Invitrogen, 1:1000 |
细胞核染色 |
|
RapiClear |
— |
全组织透明化 |
|
O.C.T 化合物 |
— |
冷冻包埋 |
| RNA/测序 |
FastPure RNA 提取试剂盒 |
— |
总 RNA 提取 |
|
HiScript III RT SuperMix |
— |
逆转录 |
|
SYBR Green Master Mix |
Applied Biosystems #A25742 |
qPCR |
|
TruSeq Stranded mRNA LT |
Illumina |
RNA-seq 建库 |
|
10X 单细胞 3' 文库 V3 |
10X Genomics |
scRNA-seq |
| 电生理试剂 |
谷氨酸 |
Sigma #G1251, 50 μM |
神经元兴奋性刺激 |
|
NMDA |
Sigma #M3262, 10 μM |
NMDA 受体激动剂 |
|
荷包牡丹碱 |
Sigma #14340, 50 μM |
GABA 受体拮抗剂 |
| 检测试剂 |
Live/Dead 试剂盒 |
Thermo Fisher |
细胞活力荧光检测 |
|
CellTiter-Glo 3D |
Promega |
3D ATP 发光检测 |
|
PrestoBlue |
Thermo Fisher |
细胞代谢活性检测 |
| 洗涤/缓冲液 |
DPBS |
— |
洗涤 |
|
30% 蔗糖溶液 |
— |
组织脱水 |
|
乙醇 (梯度) |
20%-100% |
电镜脱水 |
8.3 耗材完整列表
| 类别 |
耗材名称 |
规格 |
用途 |
| 培养耗材 |
6 孔板 |
常规 |
细胞铺板 |
|
低吸附 96 孔板 |
Corning #3474 |
悬浮球体培养 |
|
24 孔板 |
常规 |
基质胶包埋 |
|
T25/T75 培养瓶 |
常规 |
细胞扩增 |
|
Transwell 插入物 |
0.4-8 μm |
气-液界面培养 |
|
细胞筛 |
40-70 μm |
类器官/细胞过滤 |
| 打印耗材 |
打印针头 |
22G-27G |
适配不同粘度墨水 |
|
打印墨盒 |
3mL / 10mL |
细胞-墨水装载 |
| 微流控耗材 |
PDMS 预聚物 + 固化剂 |
— |
芯片浇筑 |
|
多孔膜 |
Whatman (0.4-8 μm) |
细胞屏障 / 支撑 |
|
硅胶管 (Tygon) |
内径 0.5-1mm |
流体管路连接 |
|
Luer 接头 |
母头/公头 |
管路快速连接 |
| 离心管 |
1.5mL / 2mL |
— |
样品处理 |
|
15mL / 50mL |
— |
培养基配制/离心 |
| 组织处理 |
组织基模具 |
— |
冷冻包埋 |
|
包埋模具 |
— |
树脂包埋 (电镜) |
|
载玻片 (SuperFrost Plus) |
Thermo #SF41296 |
贴片 |
|
盖玻片 |
— |
封片 |
|
玻璃皿 |
— |
全组织染色操作 |
|
铜网/载网 |
— |
电镜超薄切片支撑 |
| 移液耗材 |
移液管 |
5/10/25 mL |
液体转移 |
|
枪头 |
10/200/1000 μL |
精密移液 |
| 检测耗材 |
96 孔黑壁透明底板 |
— |
高内涵/荧光检测 |
|
MEA 板 |
4096 通道, 5.1×5.1 mm² |
电生理记录 |
|
细胞计数板 |
血球计数板 |
细胞计数 |
8.4 软件与数据库资源
| 类别 |
软件/数据库 |
版本 |
用途 |
| 图像分析 |
ImageJ / FiJi |
— |
荧光图像分析、定量 |
|
BrainWave |
3Brain |
MEA 电生理数据分析 |
| 测序比对 |
STAR |
v2.7.10a |
RNA-seq reads 比对 |
|
Bowtie2 |
v2.4.4 |
序列比对 |
|
HISAT2 |
v2.2.1 |
人类基因组比对 |
| 表达定量 |
RSEM |
v1.3.1 |
TPM 计算 |
|
featureCounts |
v2.0.1 |
基因特征计数 |
| scRNA-seq |
Cell Ranger |
v6.1.2 |
10X 数据处理 |
|
Seurat |
v4.3.0 |
单细胞数据分析 |
|
DoubletFinder |
v2.0.3 |
双细胞检测与去除 |
| 差异/富集 |
edgeR |
v4.2 |
差异基因表达分析 |
|
GSVA |
v1.44.5 |
基因集变异分析 |
|
DAVID |
v6.8 |
GO/KEGG 通路富集 |
| 质控 |
FastQC |
v0.72 |
测序数据质量评估 |
|
Trimmomatic |
v0.36.6 |
测序 reads 修剪 |
| 可视化 |
IGV |
v2.13.1 |
测序 reads 可视化 |
|
ggplot2 |
v3.3.2 |
R 语言绘图 |
| 参考基因组 |
GRCh38 |
v3.0.0 (10X) |
人类基因组参考 |
| 数据库 |
GTEx |
— |
组织特异性基因表达 |
|
GEO |
GSE251680 |
测序数据存储 |
|
voxhunt |
v1.0.1 |
大脑区域基因签名 |
九、关键技术参数速查表
9.1 生物打印参数
| 参数 |
推荐范围 |
说明 |
| 挤出压力 |
30-100 kPa |
取决于生物墨水粘度 |
| 打印速度 |
3-10 mm/s |
影响结构精度与细胞存活 |
| 打印头温度 |
15-37°C |
维持材料最佳流变状态 |
| 打印床温度 |
4-22°C |
防止提前凝胶化 |
| 层高 |
100-500 μm |
分辨率与通量的平衡 |
| UV 波长 |
365 nm |
光引发剂最佳吸收峰 |
| UV 强度 |
5-20 mW/cm² |
影响交联速度与细胞毒性 |
| 曝光时间 |
1-60 s |
取决于材料厚度与光引发剂浓度 |
| 细胞密度 |
1-20 × 10⁶ cells/mL |
打印后存活率要求 > 85% |
9.2 微流控 OoC 参数
| 参数 |
推荐值 |
说明 |
| 生理流速 |
0.5-10 μL/min |
模拟血流/组织灌注 |
| 剪切应力 |
< 5 dyn/cm² |
保护类器官不受机械损伤 |
| 脉冲频率 |
1-2 Hz |
模拟心跳节律 (心脏芯片) |
| 通道高度 |
100-300 μm |
影响剪切力分布 |
| 通道宽度 |
200-2000 μm |
影响流速剖面 |
| 多孔膜孔径 |
0.4-8 μm |
控制细胞屏障与分子交换 |
| pH 范围 |
7.0-7.6 |
维持细胞正常代谢 |
| 溶解氧 |
> 70% 饱和度 |
防止类器官核心缺氧坏死 |
| 温度精度 |
±0.5°C |
维持稳定的生理环境 |
💡 总结与建议
- 标准化是核心:从手工 Matrigel 包埋走向 3D 生物打印,是类器官技术从"手艺"走向"工业化制药"的必经之路。
- Matrigel 替代:建议尽早建立 GelMA / 合成水凝胶 工艺,解决批次差异问题,满足合规申报需求。
- 功能检测升级:引入 MEA (如 3Brain) 进行电生理记录,相比传统钙成像,能提供更高时间分辨率的无标记数据。
- OoC 集成:对于药代动力学研究,多器官串联芯片 (Body-on-a-Chip) 是未来评估全身毒性和代谢的终极工具。
- Celvivo 悬滴系统:适合高通量球体形成,自动化程度高,可作为早期筛选平台的补充。
本报告基于 RAGFlow Organoid 知识库(1181 篇文献)及内部资料深度整理,适用于实验室搭建论证、设备采购清单生成、客户技术咨询及内部培训参考。